23  DNA ile çalışma

R üzerinde DNA dizileri ile çalışabiliriz. Bunun için seqinr paketini yüklemelisiniz.

install.packages("seqinr")

Daha sonra R oturumunza eklemelisniz:

library(seqinr)

Öncelikle şu bağlantıya sağ tıklayıp farklı kaydete basalım:

Örnek DNA verisi

Veriyi okuyalım:

dna <- read.fasta(file = "data/example.fna")

Verim nerede?

Benim verimi indirdiğim yer, projemin çalışma klasörü içerisindeki data isimli klasör. Siz alıştırmayı yaparken, file kısmına kendi bilgisayarınızdaki veriyi verin. Yoksa hata alırsınız.

Bu işlemin soncunda elimize bir liste geçti. İsterseniz names fonksiyonu ile bu listedeki dizilerin fasta isimlerini inceleyelim:

names(dna)

[1] "ENA|BAA20512|BAA20512.1" "ENA|CAA23748|CAA23748.1"
[3] "ENA|CAA24095|CAA24095.1" "ENA|CAA28435|CAA28435.1"

Şimdi birinci elemanı inceleyelim kısaca. Listelerde indisleme yapmayı hatırlayın. Liste içerisindeki elemanlara erişmek için [[ fonksiyonunu kullanmamız gerekir:

dna[[1]]

  [1] "a" "t" "g" "a" "g" "t" "c" "t" "c" "t" "c" "t" "g" "a" "t" "a" "a" "g"
 [19] "g" "a" "c" "a" "a" "g" "g" "c" "t" "g" "c" "t" "g" "t" "g" "a" "a" "a"
 [37] "g" "c" "c" "c" "t" "a" "t" "g" "g" "g" "c" "t" "a" "a" "g" "a" "t" "c"
 [55] "a" "g" "c" "c" "c" "c" "a" "a" "a" "g" "c" "c" "g" "a" "t" "g" "a" "t"
 [73] "a" "t" "c" "g" "g" "c" "g" "c" "t" "g" "a" "a" "g" "c" "t" "c" "t" "c"
 [91] "g" "g" "c" "a" "g" "a" "a" "t" "g" "c" "t" "g" "a" "c" "c" "g" "t" "c"
[109] "t" "a" "c" "c" "c" "t" "c" "a" "g" "a" "c" "c" "a" "a" "g" "a" "c" "c"
[127] "t" "a" "c" "t" "t" "c" "g" "c" "t" "c" "a" "c" "t" "g" "g" "g" "a" "t"
[145] "g" "a" "c" "c" "t" "g" "a" "g" "c" "c" "c" "t" "g" "g" "g" "t" "c" "c"
[163] "g" "g" "t" "c" "c" "t" "g" "t" "g" "a" "a" "g" "a" "a" "g" "c" "a" "t"
[181] "g" "g" "c" "a" "a" "g" "g" "t" "t" "a" "t" "c" "a" "t" "g" "g" "g" "t"
[199] "g" "c" "a" "g" "t" "g" "g" "c" "c" "g" "a" "t" "g" "c" "c" "g" "t" "t"
[217] "t" "c" "a" "a" "a" "a" "a" "t" "a" "g" "a" "c" "g" "a" "c" "c" "t" "t"
[235] "g" "t" "g" "g" "g" "a" "g" "g" "t" "c" "t" "g" "g" "c" "c" "t" "c" "c"
[253] "c" "t" "g" "a" "g" "c" "g" "a" "a" "c" "t" "t" "c" "a" "t" "g" "c" "t"
[271] "t" "c" "c" "a" "a" "g" "c" "t" "g" "c" "g" "t" "g" "t" "t" "g" "a" "c"
[289] "c" "c" "g" "g" "c" "c" "a" "a" "c" "t" "t" "c" "a" "a" "g" "a" "t" "c"
[307] "c" "t" "c" "g" "c" "a" "c" "a" "c" "a" "a" "t" "g" "t" "c" "a" "t" "c"
[325] "g" "t" "g" "g" "t" "c" "a" "t" "c" "g" "g" "c" "a" "t" "g" "c" "t" "c"
[343] "t" "t" "c" "c" "c" "t" "g" "g" "a" "g" "a" "c" "t" "t" "c" "c" "c" "c"
[361] "c" "c" "a" "g" "a" "g" "g" "t" "t" "c" "a" "c" "a" "t" "g" "t" "c" "a"
[379] "g" "t" "t" "g" "a" "c" "a" "a" "g" "t" "t" "t" "t" "t" "c" "c" "a" "g"
[397] "a" "a" "c" "t" "t" "g" "g" "c" "t" "c" "t" "g" "g" "c" "t" "c" "t" "c"
[415] "t" "c" "t" "g" "a" "g" "a" "a" "g" "t" "a" "c" "c" "g" "c" "t" "a" "a"
attr(,"name")
[1] "ENA|BAA20512|BAA20512.1"
attr(,"Annot")
[1] ">ENA|BAA20512|BAA20512.1 Cyprinus carpio (common carp) alpha-globin "
attr(,"class")
[1] "SeqFastadna"

Bu aslında bir vektör. Her DNA nükletoditi, vektörün bir elemanı olarak ifade edilmektedir.

Artık bir fasta dizisini, R içersisine aktarmayı biliyorsunuz. Tebrikler.