1  R ve RStudio

Bu ders kapsamında, açık kaynaklı olarak dağıtılan R istatistik paketi ve bu paketle bütünleşmiş geliştirme platformu olan RStudio masaüstü programını kullanacağız.

R istatistik paketi, son yıllarda yaşam bilimleri ve biyolojik veri analizi alanında sıklıkla kullanılmaktadır. Hatta biyolojik veri analizi için önemli olan R paketleri, Bioconductor sistemi içerisinde sürekli bir şekilde güncellenmektedir.

R istatistik paketini, istastiksel ve grafiksel işlemlerin yapıldığı bir çekirdek sistem olarak düşünebilirsiniz. RStudio ise, R istatistik paketi ile iletişimimizi sağlayan ve R’a yeni işlevler kazandıran bir kabuk gibi düşünülebilir.

Bu ders kapsamında R ve RStudio programlarını kullanmanız için iki farklı yolunuz var. İlk olarak RStudio programını geliştiren posit şirketi tarafından sunulan posit cloud platformunu kullanabilirsiniz. İkinci yol ise, bilgisayarınıza R ve RStudio programlarını kurarak, R ve RStudio programlarının bütün özelliklerinden faydalanabilirsiniz.

1.1 Posit Cloud

Eğer bu yolu tercih ederseniz, sadece interenete bağlanabilen bir bilgisayar rahatlıkla işinizi görecektir. İlk başta bu yöntemi tercih edebilirsiniz ancak bu sistem size kısıtlı bir ücretsiz kullanım hakkı vermektedir. Posit cloud platformunda bir hesap açarsanız, ayda 25 işlem saati boyunca RStudio üzerinde çalışma hakkınız bulunmaktadır. Aylık 25 işlemci saatini aşarsanız ya ücret ödemeniz gerekir ya da bir sonraki ayı beklemeniz gerekmektedir.

İşlemci saati

Bu terim, bir ay boyunca size tanınan işlemciyi kullanarak yapılan hesaplama hakkını ya da toplam kod çalıştırma hakkınızı belirtir. Eğer hesaplama yapmıyorsanız, bu işlemci saatlerinizi kullanmazsınız.

1.1.1 Posit Cloud sistemine giriş

İlk olarak Posit cloud sitesine gidelim ve Sign Up tuşuna tıklayarak yeni bir hesap açalım. Eğer hesabımız var ise, Login tuşuna basarak hesabımıza giriş yapalım (Şekil 1.1).

Şekil 1.1: Posit Cloud sitesi üzerinden yeni bir hesap açalım

Arından, New Project tuşuna basalım ve New RStudio Project tuşuna basarak yeni bir R projesi oluşturalım (Şekil 1.2).

Şekil 1.2: Yeni bir proje oluşturalım

Eğer her şey yolunda gittiyse, yeni bir R proje ekranı ile karşılaşmamız gerekir (Şekil 1.3).

Şekil 1.3: Projemizi oluşturduktan sonra karşımıza çıkan ekran

Tebrikler, Posit Cloud sistemi ile R ve RStudio kullanmaya hazırsınız artık!

1.2 R ve RStudio kurulumu

Eğer bilgisayarınza R ve Rstudio kurmak isterseniz - ki bu yöntem uzun vadede tavsiye edilir - bu yoldan gitmelisiniz. Bunun için öncelikle bilgisayarınızın mimarisini öğrenmeniz gereklidir. En güncel işlemci mimarisi şu anda 64 bit ancak hala 32 bit bilgisayarlar dolaşımda bulunmakta. İşlemci mimarinize uygun R ve RStudio programlarını indirmeniz gereklidir.

Öncelikle R istastik paketini kurmalısınız, daha sonra RStudio masaüstü programını kurmanız gerekmekte. Sadece RStudio kurmanız yeterli değildir.