Biyoinformatik

Merhabalar! Burada Biyoinformatik dersi hakkında gerekli bilgileri paylaşacağım.

Galaxy sistemi

Dersimiz çoğunlukla, açık ve özgür bir biyoinformatik platformu olan Galaxy sunucuları üzerinde işlenecektir. Bu sunucular üzerinde ücretsiz hesap açarak, işlerinizi yürütebilirsiniz. Ders kapsamında ilk gösterdiğim sunucuyu kullanacağım, ancak siz hepsinde hesap açabilirsiniz. Bu sayede bir sunucu yoğunsa, işinizi diğer sunucu üzerinde gönderebilirsiniz.

• Usegalaxy.eu Ders kapsamında öncelikli olarak bu sunucuyu kullanacağız.

Alternatif sunucular:

• Amerika sunucusu Usegalaxy.org
• Avusturalya sunucusu Usegalaxy.au

Her sunucuda ufak tefek farklılıklar bulunmakta, ama genel kullanım mantığı aynıdır. Duruma göre diğer sunucuları da kullanabiliriz.

• Galaxy hesap açma rehberi PPTX

E posta adresinizi onaylatmanız gerekmektedir!

Ödevlerin hazırlanması

Ders kapsamında biyoinformatik analiz temelli ödevler verilecektir. Bu ödevlerin hazırlanması için aşağıdaki belgeyi taslak olarak kullanabilirsiniz. Hazırlayacağınız ödev tabii ki çalıştığınız konuya göre örnek verilen ödevden farklılaşmalı, ama temel bir taslak olarak kullanabilirsiniz:

• Ödev WORD

Dersler

• Veritabanları
  • Ekran görüntüleri PPTX
  • Kullanım kılavuz WORD
• Galaxy kullanım kılavuzu (Giriş)
  • Kullanım kılavuzu WORD
  • Kullanım kılavuzu PPTX

• INTRO NGS PPTX

• Galaxy veri yükleme
  • Bilgisayardan Galaxy sistemine veri yükleme PPTX
  • NCBI NT veri tabanından Galaxy sistemine veri yükleme PPTX
• Örnek diziler
  • FASTA
  • FASTQ ileri yönlü okumalar
  • FASTQ geri yönlü okumalar
• FASTQ Kalite kontrolü
  • Covid fastq dosyası ileri okumalar FASTQ.GZ
  • Covid fastq dosyası geri okumalar FASTQ.GZ
  • WORD
  • PPTX
  • Cutadapt ile fastq dosyalarının işlenmesi WORD
  • Cutadapt ile fastq dosyalarının işlenmesi PPTX
  • Ders ekibinin hazırladığı fastq işleme dosyası PPTX
  • Cutadapt programı ile Adaptör dizilerinin tanımlanması, Ahmet Berkay Demirseçen PPTX
• DNA dizi hizalama:
  • Hizalama dersi sunumu PPTX
  • Needleman-Wunsch WORD
  • Hizalama dersi pratik WORD
  • BLAST WORD
  • Needleman-Wunsch global hizalama algoritmasının R üzerinde basit bir uygulaması html

• Mega kullanım kılavuzu

• Moleküler Filogeni PPTX
• Moleküler Filogeni Pratik PPTX
• UPGMA ile Ağaç WORD
• Moleküler filogeni uygulama:
  • Örnek veri FASTA
  • ClustalW çoklu hizalama algoritması Link
  • Simple phylogeny Link
• Hizalama ve varyant çağırma PPTX
• Hizalama kılavuzu PPTX
• Hizalama kılavuzu WORD
• Hizalama ve varyant çağırma dersi
  • Covid referans genomu Fasta
  • Covid ileri okumaları (ERR4082748) fastq.gz
  • Covid geri okumaları (ERR4082748) fastq.gz
  • Covid verileri internet sites site
  • Hizalama Galaxy kullanım slaytları PPTX
  • Genotip ve varyant çağırma Galaxy kullanım slaytları PPT
  • Maximum Likelihood ile genotip çağırma Word
  • Snippy aracı ile hizalama ve varyant çağırma WORD
  • Snippy aracı ile hizalama ve varyant çağırma PPTX
  • Snippy aracı ile hizalama ve varyant çağırma (güncellenmiş)PPTX
  • Ders ekibinin hazıraldığı BCFtools ile varyant çağırma ve filtreleme PPTX

Lisans seviyesi biyoinformatik

• Sunumlar: Google Drive

• Metagenomik PPTX
• Metagenomik veri veri
• Workflow oluşturma

Ek bilgiler

• Git kurulumu
• Conda kurulumu
• Ubuntu subsystem
• Linux komut satırı - 1
• Linux komut satırı - 2
• Kullanılacak veriler veri1, veri2
• Ubuntu program kurulumu
• RNA seq çalışması
• Fastq kalite kontrol
• Hizalama + Varyant çağırma dersi
• Script

Faydalı kaynaklar

• Doğrudan olmasa da, R ve Rstüdyo bilgisi işinize yarayabilir. Ders kapsamında yazılan kodların büyük bir kısmı R üzerinde olacaktır. Yaşam bilimlerinde veri analizi dersime bakabilirsiniz bağlantı
• Python üzerinden biyoinformatik problemlerin anlatıldığı Rosalind internet sitesi de işinize yarayabilir bağlantı