Bu derste fastq dosyalarını indirerek, kalite kontrol işlemlerini gerçekleştireceğiz.
Bir proje dosyası oluşturalım:
mkdir Proje
Bu proje dosyası içerisine girelim ve verileri yükleyeceğimiz data klasörünü oluşturalım:
cd Proje
mkdir data
Şimdi aşağıdaki okumaları data klasörüne indirelim:
İleri okuma ERR3473047_1.fastq Geri okuma ERR3473047_2.fastq
Şimdi de kullancağımız programları yükleyelim:
sudo apt-get install fastqc cutadap
Fastqc programını kullanarak okumalar hakkında kalite kontrol raporu oluşturabiliriz:
fastqc data/ERR3473047_1.fastq data/ERR3473047_2.fastq
Şimdi ise bu okumaları cutadapt isimli programla işleyelim:
cutadapt -q 20 -m 10 --trim-n -a AGATCGGAAGAG -A AGATCGGAAGAG -Z -j 4 -o data/ERR3473047_1_processed.fastq.gz -p data/ERR3473047_2_processed.fastq.gz data/ERR3473047_1.fastq data/ERR3473047_2.fastq