Biyoinformatik

Rnaseq Hazırlama

Sra-toolkit İndirme

Ubuntu komut satırına aşağıda verilen kodu yapıştırınız.

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz

tar -xzf sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz

fastqc indirme

fastqc rnaseq verilerinin kalite kontolünü yapmamızı sağlayan bir pakettir. Bu paket aşağıda verilen komutla indirilir.

conda install fastqc

conda install fastqc -c bioconda -c conda-forge

Veri indirme

Veri indirmek için bu linkten SRA veri tabanı açılmalıdır.

İndirmek istenilen verinin ismi yazılararak, çalışmaya uygun olan opsiyonlar seçilmelidir.

SRA'da seçilecek opsiyonlar

Veriyi indirmek için ID’si kopyalanmalıdır.

Kopyalanması gereken ID

Kopyalanan ID aşağıda belirtilen fasterq-dump pakedi ile indirilir.

Örnek değişken:

SRR=ERR3473047

fasterq-dump ${SRR} \
    --progress \
    --skip-technical \
    --split-files \
    --outdir data/raw/ 

fastqc ile kalite kontrol

İndirilen verinin kalite kontrolü yapılır.

fastqc data/raw/${SRR}_1.fastq data/raw/${SRR}_2.fastq

Cutadapt

Cutadapt, istenmeyen dizi türlerini yüksek verimli dizileme okumalarından bulur ve kaldırır. Bunun için öncelikle cutadapt paketi indirilmelidir.

conda install cutadapt

conda install -c bioconda cutadapt

conda install cutadapt -c bioconda -c conda-forge

Paketi çalıştırmak için aşağıdaki komut kullanılmalıdır. Değişkenler örnekteki gibidir. Yapılan çalışmaya göre parametreler değişkenlik gösterir.

SRR=ERR3473047
ADAPTER1=AGATCGGAAGAG
ADAPTER2=AGATCGGAAGAG
THREADS=4
Q1=20
Q2=20
MIN_LEN=10

cutadapt -q ${Q1} -Q ${Q2} -m ${MIN_LEN} --trim-n -Z -j ${THREADS} -a  ${ADAPTER1} -A ${ADAPTER2} -o data/processed/${SRR}_1.fastq.gz -p data/processed/${SRR}_2.fastq.gz data/raw/${SRR}_1.fastq data/raw/${SRR}_2.fastq

Verinin son halini görebilmek için tekrardan kalite kontrol yapılır.

fastqc data/processed/${SRR}_1.fastq.gz data/processed/${SRR}_2.fastq.gz