Rmarkdown Kullanımı

Yaşam Bilimlerinde Veri Analizi

Emrah Kırdök, Ph.D.

2023-09-03

R ve RStüdyo

Rstüdyo

Rstüdyo karşılama ekranı

Rstüdyo + Rmarkdown

File → New File → R Markdown yolunu izleyin lütfen

Yeni bir döküman

Bir Metin Editörü

Bu işlemin sonucunda bir metin editörü açılacak.

Metin editörleri yazılan metni hiçbir format değişimine bağlı kalmadan kaydeder.

Her karakter tek bir bit uzunluğa sahip olur

Renkler ise genel olarak okumayı kolaylaştırmak için kullanılır

Ancak bu Mikrosoft(!) Word değil!

Yapılandırılmış Metinler

Yapılandırılmış Metinler

Bugün daha çok yapılandırılmış metinleri inceleyeceğiz.

Bir makaleye baktığınızda belirli bir yapı görürsünüz.

Yapılandırılmış metinler

Bir makale yapılandırılmış bir metindir

Yapılandırılmış Metinler

  • Harflerden kelimeler
  • Kelimelerden cümleler
  • Cümlelerden paragraflar
  • Listeler
  • Çizelgeler
  • Şekiller
  • Referanslar

Sorun

Genelde metin editörleri WYSIWYG (Gördüğünü Al) felsefesine göre çalışır.

Yani düzenleyici metin boyutunu, renkleri ve diğer özelikleri belirleme hakkına sahiptir.

Metin İçeriğinin ve Stilin Ayrılması

Hem yazıp hem de metin düzenlemek çok vakit alır.

Bunun yerine ilk önce içeriği düz bir metin dosyasında yazıp metni yayımlamadan önce stil işleriyle uğraşmaktadır.

  • WYSIWYG: Gördüğün gibi al
    • Microsoft Word
  • Alternatif: Anlatmak istediğin şeyi al
    • Önce kendinizi ifade edin
    • Bırakın program stilleri ayarlasın

Yapısal Öğeler

  • Kısımlar
  • Altkısımlar
  • Paragraflar
  • Listeler
    • Numaralı
    • Numarasız
  • Kodlar

Yapısal Öğeler

  • Şekiller
    • Şekil açıklamaları
  • Tablolar
    • Başlıklar
    • Sütunlar
  • Referanslar
  • Önbilgi

Stil elementleri

  • Renk
  • Font
  • Font büüyklüğü
  • Hizalama
  • Bölümler

RMarkdown ile Yazım

Markdown

Metin yazımı için alternatif bir yol. Bu sistemde metni yazarken belirli stil elementlerini özel işaretlerle belirliyoruz.

Bu sayede metinler istenen her bilgisayarda okunabilir!

Ancak bazı kurallar var.

Paragraflar

Hiçbir belirteç kullanılmadan yazılmış metinler paragraf stiline dönüştürülür.

Bir paragraf

Başka bir paragraf.

Bir paragraf

Başka bir paragraf.

Başlıklar

Birinci seviye başlık
==================

İkinci seviye başlık
-------------------

Paragraf
Birinci seviye başlık
İkinci seviye başlık

Paragraf

Başlıklar

# Başlık 1
## Başlık 2
### Başlık 3
#### Başlık 4
Başlık 1
Başlık 2
Başlık 3
Başlık 4

Listeler

+ Öğe1 1
+ Öğe2 2
    + Öğe 2a
    + Öğe 2b
  • Öğe 1
  • Öğe 2
    • Öğe 2a
    • Öğe 2b

Alt listeler 4 tane boşlukla oluşturulur

Numaralı listeler

1. Öğe 1
1. Öğe 2
1. Öğe 3
    1. Öğe 3a
    1. Öğe 3b
  1. Öğe 1
  2. Öğe 2
  3. Öğe 3
    1. Öğe 3a
    2. Öğe 3b

Alıntılar

ALıntı yapmak için:

> "The limits of my language mean
> the limits of my world"
> 
> *Ludwig Wittgenstein*

“The limits of my language mean the limits of my world”

Ludwig Wittgenstein

Şekiller

İnternetten:

![optional text](http://example.com/logo.png)

Veya bilgisayarınızdaki bir dosyadan:

![optional text](images/mu.png)

Çizelgeler

|        | sample   | dose | time   | agent            |
|--------|----------|------|--------|------------------|
| 1      | GSM91440 | low  | 5 min  | caffeine         |
| 2      | GSM91893 | low  | 5 min  | caffeine         |
| 3      | GSM91428 | low  | 5 min  | calcofluor white |
| 4      | GSM91881 | low  | 5 min  | calcofluor white |
sample dose time agent
1 GSM91440 low 5 min caffeine
2 GSM91893 low 5 min caffeine
3 GSM91428 low 5 min calcofluor white
4 GSM91881 low 5 min calcofluor white

Kodlamalar

Programlar genel olarak sabit genişlikli bir yazı tipiyle yazılır.

```
this <- is.computer(code)
```

this <- is.computer(code)

Bu özellik dersin ilerleyen aşamalarında çok önemli olacak.

Başlık and Üstveri

Her dosyanın başında

---
title: "Başlık"
author: "İsim"
date: "Tarih"
output: html_document
---

Bu bloğun üç tane kesme işaretiyle ayrıldığına dikkat edin:

---

Bağlantılar

Bu bir [bağlantıdır](http://example.com).
Daha açık bir [şekilde de yazılabilir].

[Daha açık bir şekil]: http://example.com

Bu bir bağlantıdır. Daha açık bir [şekilde de yazılabilir].

Kod yazımı

Kodlar `bu şekilde` yazılır

Kodlar bu şekilde yazılır

Alıştırma vakti

Bu derste öğrendiklerinizi Rmarkdown olarak yazın lütfen.

Daha fazla bilgi için

Teşekkür

  • Sunumlarından faydalanmama izin veren Dr. Andres Aravena’ya teşekkürler!